La exploración física de la miocardiopatía hipertrófica puede ser anodina en pacientes sin obstrucción; todo lo más puede detectarse un cuarto ruido a la auscultación cardiaca, reflejando la mala distensibilidad ventricular. En pacientes con MCH obstructiva puede auscultarse un soplo mesosistólico eyectivo no precedido de clic y con un segundo ruido conservado. Este soplo es de vientre más precoz que el de la estenosis valvular aórtica severa, no llega al final de la sístole y se suele auscultar en una zona más baja del precordio. La obstrucción, y el soplo que produce, se acentúa con las maniobras que aceleran la eyección ventricular, como el ejercicio o la administración de isoproterenol, o que reducen el diámetro de la cavidad (la maniobra de Valsalva o la administración de nitrito de amilo). En cambio, puede suprimirse con las maniobras que aumentan la poscarga (contracción muscular isométrica) y dilatan la cavidad.
En los casos de obstrucción severa el pulso arterial periférico puede presentar un aspecto digitiforme característico, con un ascenso rápido seguido de un colapso mesosistólico. Esta morfología puede aparecer sólo en situaciones en que se incrementa el grado de obstrucción, como tras una pausa postextrasistólica.
En situaciones avanzadas los pacientes pueden presentar insuficiencia cardiaca, con toda la sintomatología y semiología característica. Este cuadro no siempre se debe a las anomalías de la función diastólica que presenta la enfermedad, sino que puede deberse a una evolución hacia una fase dilatada terminal, con predominio de disfunción sistólica.